Med priimki v Sloveniji je priimek Černigoj skupaj z enako pogostimi priimki Alič, Lukan, Mulej, Škrjanec in Zavec na 705.–710. mestu za priimkoma Jež in Jurca na 703.–704. in pred priimkoma Kozole in Žigon na 711. –712. mestu. Po podatkih Statističnega urada RS se je 1. 1. 2016 s priimkom Černigoj podpisovalo 456 (1971: 534; 1997: 482; 2012: 465) prebivalcev in prebivalk Slovenije. Po regijah so bili razporejeni takole: v goriški 273, v osrednjeslovenski 94, v obalno kraški 37, v primorsko notranjski 20, v gorenjski 17, v savinjski 6, v podravski, zasavski, posavski in v jugovzhodni Sloveniji manj kot po 5.
Priimek Černigoj je tudi sestavina dvojnih priimkov. Takih priimkov je bilo konec leta 1997 skupaj 16, od teh 9 s priimkom Černigoj na prvem in 7 na drugem mestu: Černigoj-Diehl, Černigoj Fabijan, Černigoj Furlan, Černigoj Hvalič, Černigoj Kropf, Černigoj Novinec, Černigoj Rus, Černigoj Rušt, Černigoj Sadar ter Bogataj Černigoj, Laznik Černigoj, Malenšek Černigoj, Paldauf Černigoj, Švigelj Černigoj, Škarabot Černigoj, Žgur Černigoj.
Ob priimku Černigoj obstajajo tudi pisne različice Črnigoj (2016: 191), Černagoj (2016: 5), Črnagoj (2016: 11) ter Černogoj (2016: 18) in Črnogoj.
Priimek Černigoj z različicami Črnigoj, Černagoj, Črnagoj ter Černogoj in Črnogoj je nastal prek vzdevka iz imenske zloženke, ki jo sestavljajo pridevnik črn ali glagol črniti in sestavina goj v pomenu ‘mir’. Sestavina goj je npr. v imenih Gojmir, Gojislav, Gojko in jo povezujejo z glagolom gojiti in besedno družino goj, goja, gojba, gojenec, gojenka, gojenje, vzgoja, vzgajati.
Poimenovalna predstava, po kateri bi lahko nastal priimek Črnigoj s pisno različico Černigoj, temelji verjetno na velelniku črni glagola črniti in sestavini goj v pomenu ‘mir’. Prvotno naj bi torej s priimkom Črnigoj, Černigoj poimenovali koga, ki je črnil mir, tj. grdo govoril o njem, mu nasprotoval, deloval proti njemu. V različicah Črnagoj, Černagoj in Črnogoj, Černogoj je velelniška sestavina Črni- spremenjena v pridevniško Črna- in Črno-. Glede na to bi lahko domnevali tudi nekoliko drugačen prvotni pomen. Glede na splošno znan pojav zelo različnih in nezanesljivih zapisovanj priimkov v starejših obdobjih pa je možno, da gre tudi v našem primeru samo različne zapise enega priimka. To je najverjetneje priimek Črnigoj s statistično prevladujočo pisno različico Černigoj.
